La quatrième année est consacrée à la préparation d'un M2, à la suite du M1 Phytem. Le M2 correspond à une spécialisation dans un domaine disciplinaire. Il est choisi librement par les élèves, aussi bien sur le plan thématique que géographique. Pour ceux qui n'ont pas choisi de préparer l'agrégation, cette année peut correspondre çà la première année de thèse.